Fondata nel 1863 durante il ministero di Michele Amari (7 dicembre 1862-23 settembre 1864, Ministeri Farini-Minghetti), la Biblioteca del Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca, ebbe originariamente la sua prima sede nella Collegiata Universitaria di Torino.
Successivamente, dopo il trasferimento della capitale d’Italia da Firenze a Roma, ebbe sede prima nello stesso palazzo del ministero in piazza della Minerva e successivamente, fu trasferita sempre in Piazza della Minerva in alcuni locali della biblioteca Casanatense.
Era allora segretario generale del Ministero, Ferdinando Martini che ebbe come collaboratore Desiderio Chilovi, nominato nel 1885 prefetto alla Nazionale di Firenze. A questi due nomi è legato il R.D. 28 ottobre 1885, n. 3464 che approva il regolamento organico delle biblioteche governative del Regno.
Già dal 1875 però, ministro Ruggero Bonghi (1874–1876), le raccolte cominciarono a smembrarsi a vantaggio, prima, della biblioteca circolante del Museo pedagogico (sorto nel 1874) e successivamente, nel 1904, della Biblioteca Nazionale di Torino a cui furono donati circa cinquemila volumi dopo che un incendio nel gennaio1904 distrusse 3.000 manoscritti e oltre 25.000 stampati. Tra queste due date, nel 1896 venne varato il Regolamento per il prestito dei libri della Biblioteca del Ministero.
Poche opere quindi rimasero nelle due sale presso la Casanatese: tra le principali, le raccolte degli Atti parlamentari, gli Annuari delle università, le raccolte di Leggi e Decreti anche dei vari Stati italiani prima dell’annessione al Regno d’Italia e i Bollettini Ufficiali del ministero. Rimasero pure le ricche e importanti collezioni archeologiche, costituite all’epoca della Direzione generale di Antichità e belle Arti (1874) per opera dell’archeologo Giuseppe Fiorelli.
Nel 1912 la Biblioteca fu ricostituita e, nel 1920, sotto il ministero di Benedetto Croce, fu definitivamente soppressa per lo stato di abbandono e depauperamento in cui versava il materiale di cui ancora disponeva e che tuttavia divenne un reparto della Biblioteca Alessandrina.
Nel 1926, il ministro P. Fedele, con Ordinanza del 24 aprile, riconobbe la necessità di ricostituire la biblioteca “tale che risponda adeguatamente ed utilmente alle varie esigenze di consultazione e di studio da parte degli Uffici”. Nei mesi successivi un altro importante provvedimento, il R.D. 7 giugno, n. 944, sancì la nascita della Direzione generale per le Accademie e le Biblioteche. Con paziente lavoro fu rintracciato il materiale residuato dallo smembramento e andato disperso in diversi magazzini, archivi e singoli uffici. Questo materiale nel 1928 fu trasportato nella nuova sede del Ministero al viale del Re (poi viale Trastevere) e sistemato in due stanze di lettura. La biblioteca nella sua nuova sede ebbe continuo incremento e si arricchì in prevalenza di opere giuridiche, letterarie e pedagogiche in conformità ai fini per i quali era stata ricostituita. Nel 1937, infine, la Biblioteca fu definitivamente collocata nella attuale sede, con una sala di lettura a volta molto alta, completamente scaffalata in legno.
