Dal 2000 le istituzioni scolastiche, pur facendo parte del sistema scolastico nazionale, hanno una propria autonomia amministrativa, didattica e organizzativa.
Operano comunque nel rispetto delle norme generali sull'istruzione emanate dallo Stato.
Le istituzioni scolastiche sono dirette da un dirigente scolastico e si avvalgono di un apposito ufficio amministrativo (segreteria) anche per i rapporti con il pubblico. Ogni istituzione scolastica ha un proprio Piano dell'Offerta Formativa (POF), che rappresenta il piano di azione educativa e di istruzione della scuola.
Le istituzioni scolastiche, per il loro funzionamento, hanno diritto di ricevere fondi dallo Stato e possono anche ricevere risorse finanziarie da Comuni, Province e Regioni o da altri enti e privati.
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Riferimento normativo: DPR 275/99